2013年3月4-5日，受国家科技部委托，国家自然科学基金委组织专家对水文水资源与水利工程科学国家重点实验室（河海大学•南京水利科学研究院）进行现场评估。根据《国家重点实验室评估规则》，所有国家重点实验室按照不同的学科领域，都要接受国家科技部组织的评估，评估期为5年。评估工作本着鼓励科技创新、引导实验室出大成果的宗旨，强调对实验室进行整体评估，突出对实验室成果质量和学术水平的评估，更好地发挥实验室的作用，促进国家重点实验室的发展。水文水资源与水利工程科学国家重点实验室于2004年批准组建，2007年通过验收，2008年实验室第一次参加国家科技部的评估结果为良好。
专家组召开了评估报告会，实验室主任彭世彰教授就五年来实验室的研究水平与贡献、队伍建设与人才培养、开放交流与运行管理等作了工作汇报，张建云院士、任立良教授、唐洪武教授、陆永军教高、顾冲时教授分别作代表性成果学术报告。河海大学校长王乘教授、副校长徐卫亚教授、南京水利科学研究院院长张建云院士、副院长李云教高、副院长戴济群教高等依托单位领导出席了现场评估报告会，吴中如院士和团队学术带头人以及研究骨干参加会议。在现场考察中，评估专家组分别考察了实验室公共实验平台、水环境综合治理实验厅和水工新材料试验厅以及铁心桥试验基地等，对实验室的工作状态、研究工作情况、仪器设备运行和共享、人才队伍建设和对外开放、管理工作等进行检查，核实科研成果、抽查实验记录，并进行个别访谈等。3月5日，专家组召开评议会，讨论审议实验室工作情况，并向实验室依托单位口头反馈了评估专家意见。
国家重点实验室在本评估期围绕五个研究方向，开展水科学应用基础研究，突出重大工程关键技术创新。实验室主持了“973”计划项目、国家自然科学基金重大计划项目等一批具有重大影响的国家级科研项目，在水资源演变及其对气候变化的响应评估、不同陆面特征的水文过程机理及模拟、平原河流水动力过程及防洪安全调控、河口海岸滩涂高强度开发与治理关键技术、重大水工程服役风险分析与调控理论和方法等方面取得了突出研究成果，尤其在气候变化和人类活动对流域水文过程的影响规律的探索、产汇流理论与水文模型的发展方面，为水文学领域的研究作出了重要贡献，在本学科领域具有突出的学术地位。牵头完成了一批对我国水利水运行业起到重要支撑作用的基础工作，解决了重大工程关键技术问题，在国家科技发展与国民经济建设中发挥了重要作用，在国际国内具有引领带动作用和重要的影响力。
国家重点实验室在建设管理委员会与学术委员会的领导下，逐级聘任形成了以学术带头人为核心、以学术团队为基础单元的研究方向团队，具有一支年龄、专业和学历结构合理的高水平科研队伍。发挥实验室“人才特区”的支撑作用，聚集和持续吸引高水平人才，在领军人才和杰出人才方面有了突破性的增长，成为高端人才汇聚和人才培养的基地；携手世界著名学术机构及知名学者，搭建国际学术交流平台，在对外开放、交流与合作方面的工作卓有成效，国际学术影响力大幅度提升，成为国内外重要的学术交流基地；围绕科学研究重点进行高水平开放实验平台建设，形成了较为系统的实验研究能力，成为水科学领域的高端实验基地；建立健全了一系列行之有效的规章制度，实现了实验室运行管理的制度化和规范化，并形成了宽松自由的学术氛围和独特的实验室文化环境。两家依托单位坚持协同创新，构建了实验室协同运行体制，在人力、物力、财力等方面给予了大力支持，实现了实验室的一体化运行管理。
