我校研究生教育始于20世纪50年代，是国家首批招收博、硕士生的单位和全国最早设立研究生院的56所院校之一。目前拥有16个一级学科博士学位授权点、37个一级学科硕士学位授权点和19个硕士专业学位类别授权点；每年招收近500名博士、5000名硕士。我校不断深化德才兼备的高层次创新人才培养模式，培养质量持续提高，在江苏省研究生教育工作综合评价中获评A等。

河海大学国际教育学院成立于2007年，与国际合作处合署办公。为进一步推进国际化教育，学校于2013年1月决定独立设置国际教育学院。目前，国际教育学院是在学校党委和行政领导下，统筹实施来华留学教育、涉外培训、国际汉语教学与推广、学生校际交流项目的部门，中非学院挂靠国际教育学院。学院积极开展国际合作、聚合海外优质教育资源，与海内外一流高校建立广泛的战略联盟，服务于个人及企业的“走出去”和“引进来”的全球化战略，搭建培养国际化人才的学习平台，助力个人及企业的跨越式发展。

终身教育学院是教育部“高等学校继续教育示范基地”、人社部“国家级专业技术人员继续教育基地”、水利部行业定点培训机构。学院依托学校优势学科和雄厚的师资力量，面向全国开展高等学历与非学历继续教育工作；围绕国家战略、行业需求以及区域发展需要，培养培训了一大批德才兼备的优秀人才，赢得了良好的社会声誉。