国家级科研机构
水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心 水文水资源与水利工程科学国家重点实验室
   
省部级科研机构
浅水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室 疏浚技术教育部工程研究中心
岩土力学与堤坝工程教育部重点实验室 教育部城市环境与可持续发展联合研究中心
江苏省循环经济工程中心 南方地区高效灌排与农业水土环境教育部重点实验室
海岸灾害及防护教育部重点实验室 水利水电工程安全教育部工程研究中心
江苏省交通基础技术工程研究中心 江苏省岩土工程技术工程研究中心
水利部水力发电工程重点实验室 水利部岩土工程重点实验室
水利部结构力学与水工结构工程重点实验室 水利部河口海岸工程重点实验室
水利部机电控制及自动化重点实验室 水利部水库移民经济研究中心
水利部水工金属结构安全检测中心 水利部节水园区
水利经济研究所 南京土工合成材料工程技术研究中心
   
国际合作科研机构
中-荷环境岩土工程合作研究中心 中德水资源研究所
中港水利建设3S技术应用联合实验室 中加瞬变流仿真与控制研究中心
中德海岸工程研究所  
   
市级科研机构
常州市数字化制造技术重点实验室 南通河海大学海洋与近海工程研究院
校内主要研究机构  
电子及信息技术研究所 机电一体化研究所
环境工程研究所 环境水利科学研究所