为适应经济社会发展对创新型拔尖人才的需要，在举办多年基地强化班的基础上，学校于2009年7月6日成立了大禹学院。
　　学院的建设定位是依托国家重点学科，在课程贯通的基础上，实行本硕一体化的人才培养模式。实行本研连续培养。学生一、二学年按水利土木大类培养，主要是通识教育和基础培养。第三学年按专业方向进行培养，学生经过双向选择程序到各专业方向，主要有水文与水资源、水利水电工程、港口航道与海岸工程、土木工程等专业。第四学年开始，满足条件者可免试推荐、提前进入研究生阶段学习。优先推荐学生到与我校合作的国外院校进一步深造，同时引进国际优质教育资源。
　　学院以教学名师为班导师；优秀的老师为课程主讲教师；设置研讨类课程，开展研究性学习；提供英语培训和优先推荐出国深造；提供更多的工程实践机会和实践经历；鼓励学生参加各种学科竞赛、创新实践和科学研究并提供相应开放实验室和工程训练中心；奖学金比例和额度相应提高并设立特别奖项；与研究生同等的借阅图书资源条件。