河海大学下设水文水资源学院、水利水电工程学院、土木工程学院、环境科学与工程学院、交通学院、海洋学院、机电工程学院、计算机及信息工程学院、电气工程学院、商学院、公共管理学院、外国语学院、理学院、农业工程学院、材料科学与工程学院、法学院、体育系等专业院系。学校现有50个本科专业。其中水利工程、土木工程两学科综合实力处于全国领先位置，尤其是水利工程学科总体实力最强，支撑及相关学科门类较多，水利及支撑学科人才梯队的综合实力处于国内一流地位。

　　河海大学研究生教育始于50年代，是全国最早开展研究生教育的学校之一，也是国家首批具有博、硕士生学位授予权的单位之一。现有1个一级学科国家重点学科（水利工程），7个二级学科国家重点学科，9个省级重点学科；9个国家级以及省部级重点实验室、6个国家级以及省部级工程研究中心；7个博士后流动站；38个博士点，124个硕士点，18个工程硕士专业学位领域及工商管理硕士（MBA）专业学位授权点，15个高等学校教师在职攻读硕士学位专业，现有博士生导师223人，硕士生导师808人，11位博士生导师为中国科学院院士或中国工程院院士。2008年全日制在校研究生达9200余人。

　 河海大学有广泛的国际交流和合作，是国家首批授权可授予外国留学生博士、硕士、学士学位的学校，已为40多个国家和地区培养了近千名博士、硕士与学士，与20多个国家和地区的近50所大学建立了校际协作关系。

　　河海大学2004年9月与中国人民解放军海军签订了《海军依托河海大学培养军队干部协议书》，成立了“中国人民解放军驻河海大学后备军官选拔培训工作办公室”，经双方商定，每年从普通中学应届高中毕业生中招收录取和从高校在校生中考核选拔一批国防生，由军队资助一定数额奖学金完成学业，大学毕业后直接到海军部队担任军官。河海大学具有悠久的历史、优良的学风校风，自上世纪60年代以来，已有数百名优秀毕业生成为海军的各级指挥人员或技术骨干，其中还出了多名将军。

　　河海大学举办成人高等教育具有40多年的历史。1958年创办高等函授教育，1980年开办干部专修科，1989年开设夜大学。为适应成人教育事业发展的需要，1993年成立河海大学成人教育学院，归口管理和协调全校各类成人高等教育，在全国16个省（市）、自治区设有30多个函授站，现有各类成人高等学历教育在校生6000余名。