1988年，钱正英当选全国政协副主席，离开了水电部部长的岗位，但她不仅从来没有离开过水，而且还从更高的层次、更广的领域，为国建言，为民谋利，因为她的心中装着整个国家和人民。
“人民的水利专家”
上世纪90年代后，钱正英把目光投向了西部，去得最多的地方也是西部。她说，要为缩小东西部的差距，为兄弟民族脱贫致富做些事情。
宁夏回族自治区西海固地区位于自治区南部黄土丘陵地带，干旱少雨，水土流失严重，自然条件恶劣----年降水量只有200～400毫米，年蒸发量却高达2000毫米以上！在这个被称为“中国贫困之冠”、被联合国粮食开发署确定为最不适宜人类生存的地区，却有200万回汉人民祖祖辈辈在这里繁衍生息。
1994年9月，钱正英率水利专家组赴宁夏考察。夏末秋初，本是植物茂盛、果实成熟的季节，但眼前的景象依然是满目焦黄、不见星绿，风沙迎面扑来，刮得人睁不开眼。钱正英不辞辛劳，对该地区进行了全面考察，并与自治区党委、政府磋商，最终形成共识：尽快建设宁夏扶贫扬黄灌溉工程，总投资30亿元，主要目标是解决100万人口移民，开发200万亩水浇地。钱正英与自治区分别向全国政协和国务院递交了提案与报告。1995年，宁夏扶贫扬黄灌溉工程被列入国家“九五”计划重点工程。
2006年，宁夏扶贫扬黄灌溉一期工程顺利竣工并通过验收。共建成变电站37座、输电线路696公里，泵站39座、干支渠592公里，红寺堡和固海两片灌区全线通水，开发土地68.7万亩，安置移民30万人；建成乡(镇)9个、行政村46个、中小学校71所、卫生院所62个，村村通路、通电、通自来水，解决了上学难、看病难、吃水难的问题；粮油播种面积、总产、人均收入均成倍增长，电话、有线电视逐渐普及，社会安定，民族团结，实现了“一年搬迁，两年定居，三年解决温饱”的目标。
同时，通过自愿搬迁、异地安置，不仅使广大移民能较快地脱贫致富，也减轻了宁夏南部山区的人口压力，宽松了当地的发展环境，有利于对荒漠化土地进行治理，将原来的荒漠之洲、不毛之地逐渐变成绿洲。10年间，共建设高标准农田防护林10.52万亩，种植柠条57万亩，种草14.1万亩，围栏封育49.1万亩，有效促进了生态的恢复，使环境气候得到改善，风速降低，相对湿度提高，风沙天数减少，年蒸发量下降。工程取得了明显的经济、社会和生态效益，被当地各级政府和百姓赞誉为“德政工程”、“民心工程”。
受惠于工程的各族群众没有忘记钱正英。2007年，他们制作了一个4米长、1米宽的巨匾，专程送到北京钱正英家中。
主持六项重大战略咨询项目
1999年至2011年，早已过了古稀之年，本该含饴弄孙、颐养天年的钱正英，组织和带领数十名院士、数百名专家，连续承担了六项以水资源及区域开发为主题的重大战略研究咨询项目，国务院七次听取汇报，研究报告的结论和建议都被纳入国家及地区的发展战略和政府规划中。
第一项是1999年至2001年开展的《中国可持续发展水资源战略研究》。报告全面分析评价了中国水资源现状和供需关系发展趋势，提出了“以水资源的可持续利用支持我国社会经济的可持续发展”的总体战略和8个方面的战略性转变。
第二项是2001年至2003年开展的 《西北地区水资源配置、生态环境建设和可持续发展战略研究》。报告提出了“人与自然和谐共存”的发展方针以及西北地区生态建设、水资源合理配置和高效利用的10项战略对策。
第三项是2004年至2006年开展的 《东北地区有关水土资源配置、生态与环境保护和可持续发展的若干战略问题研究》。报告提出了“建设资源节约型、环境友好型的经济与社会”等重要战略思想和8项建议。
第四项是2006年至2008年开展的 《江苏沿海地区综合开发战略研究》。报告提出了建设“我国东部地区新的经济增长点和全面实践科学发展观的示范区”以及把“江苏沿海开发战略上升为国家战略”的总体思路和6项主要工作。
第五项是2007年至2009年开展的 《新疆可持续发展中有关水资源的战略研究》。报告围绕新疆水资源开发利用的前景和问题，得出了“根本出路是进行经济结构调整”等一系列重要结论，提出了10项重要建议。
第六项是2009年至2011年开展的 《浙江沿海及海岛综合开发战略研究》。报告建议将 “建设舟山群岛新区”和“建设清洁能源示范省”列入国家经济社会发展“十二五”计划，并提出了7项具体建议。
六项研究历时12年，钱正英的年龄从76岁增长到88岁，不变的是她自始至终亲自制定项目方案，亲自带队考察调研，亲自组织讨论总结，亲自起草修改报告，亲自向国务院汇报。
而对考察中发现的事关国计民生的重大问题，钱正英决定，不等项目结束，“急事急办”，及时专题上报党中央、国务院，以期尽快解决。下面讲述的新疆塔里木河生态环境、内蒙草原生态环境、抚顺棚户区、喀什老城危旧住房等问题，都是按照这个原则办理的。
抢救塔里木河生态环境
在新疆维吾尔自治区南部，有一条被当地各族人民亲切地称为“母亲河”的河流，这就是我国第一大内陆河塔里木河。1999年10月，钱正英率中国水资源项目组对塔里木河的上、中、下游进行了实地考察。钱正英看到，塔里木河下游自大西海子水库以下300公里河段发生断流，两岸一片荒芜，河流终端的台特玛湖已经干涸，胡杨林大片死亡，河流右侧的塔克拉玛干沙漠和左侧的库姆塔格沙漠逐渐靠近，有合拢的危险，令人十分担忧。
讨论会上，钱正英提出，为保护南疆各族人民的母亲河，抢救塔里木河生态环境，必须下决心改变现实状况，使塔里木河全程恢复，让水到达台特玛湖。针对有专家认为，断流已数十年，全程恢复不必要也不可能，钱正英又进一步分析了全程复流的必要性和可行性。专家们统一了思想认识，于1999年12月向党中央、国务院报送了《关于新疆塔里木河的考察报告》,提出了抢救塔里木河生态环境的思路、措施、难点及解决难点的关键，而关键首先就是在塔里木河干流的中下游两岸实行退耕还林。
为使问题得到解决，考察期间，钱正英还分别找时任新疆自治区和新疆生产建设兵团主要负责人，商谈五个团场及20万亩耕地的转产问题。回京后，她又给国务院总理朱镕基写信，提出：“要落实塔河中下游的退耕还林，还需要中央有关部门的大力支持和具体协助。我们认为，这是扭转塔河生态环境恶化的重大问题，希望中央予以考虑。”
国务院对钱正英的报告十分重视，责成水利部与自治区政府制定了塔里木河治理规划，拨款107亿元，在落实退耕还林的同时，采取了从中国最大的内陆淡水湖博斯腾湖及孔雀河调水等有力措施，使塔里木河断流问题得到逐步解决。2001年11月18日，中央电视台作了“塔里木河断流30年恢复通水”专题报道，记者指着一片水面激动地说：“这里是塔克拉玛干沙漠的边缘，也是塔里木河的最下游，我身后就是因为干枯而曾经消失在地图上的台特玛湖，现在我们又见到了波光粼粼的湖面！”
10年后的2011年11月15日，中国新闻网又对塔里木河的现状进行了报道。视频显示，经过多年综合治理，塔里木河下游水量持续增加，生态植被明显好转，各族群众又回到这里生活，视频中还出现了维吾尔族牧民买买?吐迪赶着300只羊放牧的笑脸。
抢救内蒙古草原生态环境
2001年8月，钱正英率西北水资源项目组赴内蒙古考察，行程达5000公里。
8月的内蒙草原，本该呈现出一派“风吹草低见牛羊”的美景。但是，在考察中，专家们看到的却是“赤地千里、寸草不生”，大地上覆盖着一层厚厚的沙砾，灰黄色的、一望无际的戈壁滩上连只耗子都藏不住！有一天，专家们在赛汉塔拉还遭遇了滚滚而来的沙尘暴，昏天黑地的景象令大家的心情十分沉重。
于是，钱正英和专家们边考察边收集资料，反复研讨，三易其稿，撰写了《关于抢救内蒙古高原生态环境的报告》。钱正英又写了一封信，与报告一并呈报温家宝副总理。
报告指出，由于过度放牧，不合理农垦，加上连年旱灾，使草原严重荒漠化，生态系统恶化已达到崩溃的边缘，其沙尘直接威胁京、津和华北广大地区。因此，急需采取果断措施，抢救草原生态环境。报告向国家及有关部门提出了四项建议：把内蒙古高原整体建设为生态环境安全带，即我国北方的生态屏障，以减轻对京、津和华北地区的沙尘危害；把内蒙古草原牧区的“退牧还草”纳入“退耕还林（草）工程”和“环北京防沙治沙工程”，林业局、农业部、水利部协助内蒙古自治区作好“退牧还草”规划；水利部、国土资源部协助内蒙古自治区做好地下水勘探规划和地下水开发规划，加强农牧区水利建设力度；把额济纳旗黑河下游绿洲列为国家级自然保护区。温家宝在报告上作出了批示。上述建议受到各方重视，并逐项得到落实。
2003年7月，钱正英冒着酷暑再赴内蒙古，跟踪考察对草原荒漠化进行综合治理的效果，并专门前往荒漠化严重以及两年前遭遇沙尘暴的赛汉塔拉，参观了禁牧区，访问了“围封转移”的牧户。当看到“退牧还草”政策实施两年来，农牧业结构的调整和草原恢复已经初见成效，同时也改善了牧民的生活时，钱正英的心情由两年前的“十分沉重”变为格外愉快。考察后，钱正英又与自治区负责人进行了座谈，提出了巩固成果的措施。
也就是在这次考察途中，钱正英度过了自己的80寿辰。
棚户区改造工程的起缘
2004年5月，钱正英率东北水资源项目组在辽宁省考察期间，前往抚顺市进行调研。
抚顺是一个因煤而兴的城市，曾经是我国重要的重工业城市和大煤都，为新中国的经济建设做出了很大贡献。由于历史的原因，随着工矿业的发展，在矿区及城市周边地区陆续建成了大批简易矿工住宅，并由此衍生成为大片的棚户区。至2004年，共有棚户区318万平方米，涉及居民10万户、32万人。棚户区的百姓人均月收入不到200元，住着已下陷、快倒塌、墙壁用木板条支撑着的危房，下雨时上面屋顶漏水、下面地面积水向屋里灌，群众生活苦不堪言。而随着煤矿资源消耗殆尽和资金、机制等各方面条件的限制，使得仅靠当地政府的力量来实施棚户区改造工程，已成为一个不可能完成的任务。
钱正英目睹抚顺煤矿行业及广大职工的困难景象，百感交集。回京后，她即安排相关人员再赴抚顺作专题调查，写出了《辽宁棚户房和关闭破产煤矿遗留问题亟待解决》的调查报告。她又写了一封亲笔信给温家宝总理，强烈呼吁“辽宁棚户区问题已经到了必须解决、不能再拖的时候了”，并附上调查报告。温家宝在报告上作出了批示，国务院迅速采取措施并拨款30亿元，使抚顺及辽宁的棚户区改造工作迎来了重大转折和机遇。在中共辽宁省委第九届第八次会议上，棚户区改造工程被列为全省的“一号民生工程”。
从2005年开始，抚顺市用三年时间基本完成了棚户区改造任务，被联合国人居署誉为“世界奇迹”，辽宁省委、省政府为此给钱正英发来了感谢信。
本来，钱正英不是政府官员，连政协都已退出，这样的事情既不是她的职责，也与她的考察内容毫不相干，她完全可以不问不管。但共产党员的责任心促使她不仅积极地问、主动地管，而且管到当地领导感谢、群众满意了还不算完，百姓住房改善后的生产生活仍令她牵挂在怀。她又委托相关专家再赴抚顺，就煤炭资源开发潜力、地质灾害整治以及将露天开采形成的大煤坑改造为公园的可行性等进行调研，并将调研资料全部提供给地方政府作决策参考。
2008年，使上亿群众受益的棚户区改造工作在全国推开。
推进喀什老城危房改造
2008年6月，钱正英率新疆水资源项目组在新疆考察时，特地关照前往南疆地区考察的专家，对当地的脱贫致富等民生问题予以关注。
喀什是南疆地区的政治、经济、文化中心和第一大城市。当专家们站在市中心一座高楼上眺望老城区时，对眼前规模巨大、密集拥挤的“生土建筑群”感到惊讶，于是根据钱正英的嘱托深入老城区实地考察，愈发感到问题的严重。
喀什是我国以维吾尔族为主的少数民族传统聚居地，也是抗震设防地区，但这里的传统民居却多为结构简易、强度脆弱的生土建筑，其中仅4.25平方公里的老城区就集中居住着2万余户、近10万少数民族群众，大多为上世纪60年代私搭乱建的危旧建筑，抗震能力极差，不时坍塌又随时搭建，安全隐患十分突出。特别令人担忧的是，在没有任何安全措施的情况下，当地还把这些旧民居作为民族风情观光点，售卖门票让外地游客参观，加剧了人员聚集，如遇地震逃生都无出路。汇报人最后说：“看后我后脊梁都发凉！”
听了专家汇报，钱正英敏锐地感到，这是涉及少数民族百姓生命财产安全以及民族地区和谐稳定的大事，于是请考察的专家尽快写出《关于新疆喀什老城区改造问题的报告》。回京后，钱正英将报告转呈温家宝总理，并附信指出：喀什市的突出问题是人民生活贫困，住房极不安全，如遇地震后果不堪设想。……喀什市在新疆具有十分重要的地位和影响，建议国务院加大支持的力度。温家宝接信后，责成李克强副总理主持协调有关部门负责人及专家去现场调研，制定老城改造实施方案。改造项目总投资72.49亿元，其中国家补助20亿元，自治区补助10亿元。方案实施后，有力推进了老城危房改造及市容综合整治，受到了当地政府和群众的普遍好评，喀什市委、市政府致信钱正英表示感谢。而当钱正英从电视上看到喀什老城拆迁改造和新城规划建设的消息，看到少数民族群众兴高采烈地挑选各式民族风格新民居的画面时，她比他们还要高兴。
次年5月，项目组再赴新疆，与自治区负责人交流调研成果时，自治区主席努尔·白克力高兴地告诉钱正英，喀什旧城改造方案实施后已经取得了显著成效。他十分感慨地说：“工程院的咨询项目还在进行中，新疆的老百姓就受益了！”
这样的事例还有很多。而通过一件一件这样的事，使跟随钱正英进行考察的专家们都深感敬佩。石玉林院士说：“通过一系列的事，我看到了钱正英院士是脚踏实地为人民办实事的老干部，是真正的人民的勤务员。她是我们的楷模。”邵益生研究员说：“作为科学家，钱主席的心里不光是几个科学问题、几个研究项目，她心中其实装着这个国家、这个民族、这个社会，所以总能够在科研中敏锐地抓住社会最为关切的问题，通过组织多学科的专家加以解决，使社会受益，使人民受益！……我感受到了一名科技工作者应有的社会责任”。（钱恂熊）
