2001-2003年，西部开发科技专项的主要目标和重点任务是：
一、优化、重组或新建40-50个研究开发、工程化示范、孵化器等三类科技创新基地。结合体制创新和院所改革，重组或建立一批集成电路设计和新材料等研究开发基地、节水农业和生态种苗快繁等工程化示范，以及杨凌、绵阳科技城等地建设若干孵化器，增强西部科技创新能力。
二、开发、集成和示范一批生态环境建设和特色资源增值转化关键技术，促进生态修复、生产发展、生活改善相统一。重点在黄土高原干旱半干旱地区、农牧交错带、三峡库区、西南山地等典型区，加强退耕还林还草、水土流失治理、草原生态重建等生态综合治理技术开发和模式推广，建立一批生态科技产业示范基地；加大西部特色果业、畜禽等农副产品深加工、中（藏）药和民族药等药用动植物资源开发、太阳能等可再生能源综合利用等增值转化技术开发与示范推广力度。
三、基本形成以“两带一市两城”为核心的西部高新技术产业发展格局。积极推进以陕西关中、四川成德绵高新技术产业带和重庆市，以及杨凌农科城、绵阳科技城为重点的高新技术产业发展，逐步辐射、带动整个西部地区的产业结构调整和升级。继续加强西部地区高新技术产业开发区和一批科技中介机构环境建设。
四、 开展对西部地区5000人次的厅、市、县等各级科技管理干部的科技培训，编辑系列科技培训教材和科普读物，进一步发挥现有星火、科技兴贸等人才培训渠道作用；组织专家深入西部调查研究，指导规划编制。
初步建立优势互补、共同发展的东西部合作的良性机制。继续开展东西部技术对接示范，通过项目带动，引导东西部地区有关科研机构、高等院校和企业开展形式多样、互惠互利的技术合作开发，推动西部地区人才和技术的集聚。
