| 序号 | 基地名称 | 挂靠/所属单位 |
| 1 | 科学研究院 | 河海大学 |
| 2 | 高等教育研究所 | 发展规划处 |
| 3 | 新材料新能源研究开发院 | 河海大学 |
| 4 | 地理信息科学研究所 | 水文水资源学院 |
| 5 | 水文水利自动化研究所 | |
| 6 | 水利水电实验中心 | 水利水电工程学院 |
| 7 | 水工结构研究所 | |
| 8 | 水利水电工程研究所 | |
| 9 | 水力学及河流研究所 | |
| 10 | 能源与动力工程研究所 | |
| 11 | 河海大学中加瞬变流仿真与控制研究中心（挂靠） | |
| 12 | 海岸及海洋工程研究所 | 交通学院 海洋学院 |
| 13 | 风暴潮灾害研究所 | |
| 14 | 物理海洋研究所 | |
| 15 | 交通运输与物流工程研究所 | |
| 16 | 港口航道及海岸工程实验中心 | |
| 17 | 结构工程研究所 | 土木工程学院 |
| 18 | 工程灾害防治研究所 | |
| 19 | 桥梁与隧道工程研究所 | |
| 20 | 工程力学研究所 | |
| 21 | 固体力学研究所 | |
| 22 | 流体力学研究所 | |
| 23 | 岩土工程科学研究所 | |
| 24 | 工程地质研究所 | |
| 25 | 地球探测与信息技术研究所 | |
| 26 | 水文地质研究所 | |
| 27 | 现代测量工程研究所 | |
| 28 | 遥感信息工程研究所 | |
| 29 | 结构工程实验室 | |
| 30 | 地质工程实验室 | |
| 31 | 测绘工程实验室 | |
| 32 | 岩土力学实验室 | |
| 33 | 河海大学力学实验中心 | |
| 34 | 水力学与流体力学中心 | 环境科学与工程学院 |
| 35 | 化学中心 | |
| 36 | 环境水利科学研究所 | |
| 37 | 固体废弃物研究所 | |
| 38 | 环境与市政实验中心 | |
| 39 | 电力系统自动化研究所 | 电气工程学院 |
| 40 | 电力电子与电气新技术研究所 | |
| 41 | 智能自动化研究所 | |
| 42 | 系统与控制工程研究所 | |
| 43 | 电路系统与仿真研究所 | |
| 44 | 电工电子实验中心 | |
| 45 | 电气自动化实验中心 | |
| 46 | 河海大学节能评估中心（挂靠） | |
| 47 | 计算机应用技术研究所 | 计算机及信息工程学院 |
| 48 | 软件新技术研究所 | |
| 49 | 模式识别与智能系统研究所 | |
| 50 | 通信与信息系统工程研究所 | |
| 51 | 信息工程实验中心 | |
| 52 | 技术经济研究所 | 商学院 |
| 53 | 知识产权研究所 | |
| 54 | 规划与决策研究所 | |
| 55 | 产业发展与信息化管理研究中心 | |
| 56 | 河海大学工程哲学与管理研究中心（挂靠） | |
| 57 | 投资研究所 | |
| 58 | 管理科学研究所 | |
| 59 | 水利经济研究所 | |
| 60 | 战略管理研究所 | |
| 61 | 工程管理研究所 | |
| 62 | 人力资源研究中心 | |
| 63 | 资产经营管理研究所 | |
| 64 | 水管理研究所 | 公共管理学院 |
| 65 | 非营利组织研究所 | |
| 66 | 应用心理学研究所 | |
| 67 | 河海大学中国移民研究中心（挂靠） | |
| 68 | 国土资源管理研究所 | |
| 69 | 思想政治理论课教育中心（挂靠） | |
| 70 | 张闻天研究所（挂靠） | |
| 71 | 数学应用与发展研究所 | 理学院 |
| 72 | 物理应用研究所 | |
| 73 | 物理实验中心 | |
| 74 | 数学技术实验室 | |
| 75 | 外国语言文化研究所 | 外国语学院 |
| 76 | 农业水土工程研究所 | 农业工程学院 |
| 77 | 设施农业工程研究所 | |
| 78 | 泵闸工程与小水电研究所 | |
| 79 | 农村发展研究所 | |
| 80 | 农业工程实验中心 | |
| 81 | 材料工程研究所 | 材料科学与工程学院 |
| 82 | 表面技术研究所 | |
| 83 | 材料工程实验室 | |
| 84 | 环境与资源法研究所 | 法学院 |
| 85 | 商法研究所 | |
| 86 | 公用事业法研究所 | |
| 87 | 大学体育教育研究所 | 体育系 |
| 88 | 电子及信息技术研究所 | 常州校区 |
| 89 | 苏南经济发展研究所 | |
| 90 | 学习型组织研究所 | |
| 91 | 法律政策研究所 |
